Vous commencez avec une série de questions qui déterminent quel Pokémon vous êtes. Ensuite, vous choisissez votre partenaire. Vous vous réveillez avec votre partenaire. Puis, un Papillusion vous demande de retrouver son fils (Chenipan).
Vous le ramenez et recevez quelques baies.
Ensuite, votre compagnon vous demande si vous voulez créer une équipe de secours.
Vous en choisirez le nom. Le lendemain, vous recevrez un kit de secouriste.
2) Première mission
Quand vous sortez, votre partenaire vous explique le fonctionnement de la boîte aux lettres. Puis, Bekipan arrive et vous apporte une demande de secours. Finissez la et revenez à votre base.
3) Village Pokémon
Le lendemain, votre partenaire va vous emmener visiter le village. Vous devrez alors aller à la poste Békipan pour prendre une mission. Au bout de deux missions accomplies, vous rêvez d'une secousse. Vous vous réveillez et apercevez un Triopikeur.
Il vous demande de retrouver son fils capturé par un Airmure au Mt Acier.
Battez Airmure et sauvez Taupiqueur. Faites ensuite des missions jusqu'au prochain chapitre.
4) Ectoplasma...
Au bout de quelque missions, Cotovol viendra demander de l'aide sur la place (place où Grodoudou vient d'ouvrir son magasin). Alakazam acceptera et vous apercevrez un Ectoplasma.
Après quelques missions, vous vous rendrez compte que celui-ci vous pique vos missions. Mais continuez à en faire pour arriver au prochain chapitre.
5) ... et son équipe
Chenipan va alors demander de l'aide à son tour. Ectoplasma vous lance un défi et vous partez faire cette mission. A la fin du donjon, vous devrez vous battre contre lui et son équipe (Charmina et Abo)
6) Tengalice et Cotovol
Le lendemain, Cotovol viendra vous demander de l'aider en allant chercher Cotovol et Tengalice.
Vous y allez mais, une fois arrivé tout en haut, Elekthor enlèvera Tengalice au Mt Foudre. Vous devrez alors aller le sauver. Allez donc au Mt Foudre et battez Elektor. Après cela, Alakazam vous conseillera d'aller voir Xatu
7) La fuite
Allez voir Xatu, il vous révèlera un secret que Ectoplasma, qui vous espionnait, entendra et répétera au village. Allez parler à Barbicha de la Légende de Feunard. Pendant la nuit, vous rêverez de Gardevoir.
A partir de ce moment, vous serez poursuivis par les villageois.
8) Grotte Lapis, Mt Ardent et Forêt Givrée
Vous commencerez votre fuite par la Grotte Lapis, puis, vous passerez par le Mt Ardent et battrez Sulfura et, vous arriverez à la Forêt Givrée. Battez Artikodin et un Absol viendra prendre votre défense et se joindra à vous. Puis, vous verrez Gardevoir.
9) Enfin la vérité
Vous arriverez alors au Mt Glacial et Feunard vous expliquera, à vous et à Alakazam que vous n'êtes pas l'humain de la légende.
Mais la terre se met à trembler et Alakazam et son équipe disent qu'ils vont aller calmer Groudon.
Vous rentrerez alors au village pour tout expliquer mais Ectoplasma ne vous croît pas. Bekipan arrive enfin avec une lettre vous innocentant.
10) Férosinges et Queulorior
Apres quelque missions, vous faites un rêve et le matin un Qulbutoké et un Okéoké arrivent et vous demandent d'aller lire le panneau de la poste Bekipan. Allez-y et vous trouverez le mot. Si vous trouvez un bogue de châtaigne, ramassez la !!!
Puis au bout le gang des Férosinges est là. Battez-les et vous rentrerez chez vous, avec comme récompense une châtaigne sans bogue. Puis le gang des Férosinges revient mais, en voyant que vous avez une châtaigne il vous la demande. Acceptez et ils travailleront avec vous à la rennovation de votre base. Puis, quand ils ne voudront plus travailler, donnez leur la châtaigne que vous avez trouvée mais, au bout d'un moment, ils arrêteront encore de travailler alors il faut leur en redonner une.
Allez dans le Bois Brouhaha et vous en trouverez. Si vous allez régulièrement sur le panneau de la poste Bekipan, vous verrez une demande de sauvetage de Queulorior. Prenez la et quand vous l'aurez finie, vous pourrez le recruter pour qu'il change votre drapeau
11) Mine Magma
Au bout de plusieurs jours, Alakazam et son équipe ne sont toujours pas revenus. Grolem, Tortank et Octillery proposent alors d'aller les chercher. Toujours après plusieurs missions, votre compagnon vous emmène sur la place où Tortank, Octillery et Grolem sont revenus. Ils disent que le donjon est trop dur et Ectoplasma dit que personne ne peut y arriver. Alors, vous décidez d'y aller.
Arrivé après le gîte, montez un étage et Dracaufeu et Tyranocif vous disent que Alakazam se bat toujours. Prenez le téléporteur et battez Groudon.
12) Météorite
Vous devez ensuite aller voir Rayquaza à la Tour Céleste. Battez le et il détruira la météorite avec Ultralaser. Il y aura une cinématique de fin et, finalement, vous reviendrez dans le monde Pokémon pour retrouver votre compagnon.